Вы имели ввиду ATmega2560-16AU и ATmega-16U2 ? Такого контроллера, как ATmega2560-16U2, насколько мне известно, не существует. Скачайте по ссылкам pdf-ки с параметрами, все отличия будут на первой странице. В кратце, отличаются они разным количеством памяти и портов, у второго встроен трансивер USB.
А что вы конкретно собираете? Каждый контроллер лучше для своей задачи. Не зная условий задачи, невозможно сказать какой контроллек ей лучше подойдет.
Да пока ничего не собираюсь, хочу купить посмотреть чё за оно... а так, хочу сделать что-то вроде контроллера для светодиодов (медленное разгоранее, плавное затухание, возможность управлять каждым светодиодом по отдельности и т.д.).
Тогда проще взять еще один ATmega328 в DIP28 корпусе, как в ардуине, ну или ATmega16/32/64 в DIP40 корпусе. Они же имеются и в небольших QFP корпусах. ATmega2560 очень уж здоровый, не стоит на него тратиться без нужды, да и распаивать его труднее. ATmega8/16/32U2/4 вообще больше интерфейсные контроллеры для USB, чем общего назначения, хотя у них практически та же самая периферия есть.
Всё ж я смотрю в сторону именно "mega", хочу поизучать возможности применения. Вот еще мне интересно, каким образом можно подключить к ней LCD дисплей? и можно ли вообще? Что можно выводить на него? какой-нибудь типо такого, как на фото. ps: с языком C++ я знаком немного, думаю проблем разобраться в программировании у меня не будет..