Впаиваете голый проц, подключаете программатор к компутеру, ардуину к программатору, запускаете ардуино IDE, выбираете свой программатор в настройках, ищите подменюшку "записать загрузчик", тыркаете в нее.
http://wiki.amperka.ru/установка-и-настройка-arduino-ide:arduino-restore-bootloader-with-arduino делал такой программатор из ардуино-про-мини с юсб-адаптером.
Из Arduino UNO можно сделать программатор, который будет шить любые AVR'ки с поддержкой ISP -- ATmeg'и, ATtiny'и. Если в наличии Arduino UNO с serial-адаптером на базе ATmega16u2, то этот дополнительный контроллер (ATmega16U2) можно превратить в программатор. На этом форуме кто-то уже писал об этом: восстанавливаем Arduino UNO