Да оно только «шкуру» сменило и название. У меня так же на 10 х64 работает атмел студия (и параллельно стоит MPlab X IDE).
Ну наверно весия атмел студии более старая у ТС, поэтому и не работает. У меня еще AVR Studio 4 на 10-ке 64-х разрядной работает, я ей фьюзы прошиваю. А если на простом и добром Си писать, без ардино, то ICCv7 for AVR. ICCv7 использует STK500/AVRISP из AVR Studio4. ICC мне как то привычнее, до аруино только в нем для АВР и писал, да и много чего уже написано, просто готовую папку с готовым проектом копируешь и правишь. В 10-ке правда драйвера для AVRISP проблемно ставятся из комплекта AVR Studio 4 но ставятся с zadig, поэтому у меня два AVRISP, один для AVR Studio и ICC, второй для Ардуино с Тиньками, на нем ARD написано, чтобы не париться. Просто нужный подключаешь и прошиваешь.