Если говорить об оригинальных платах, то основное отличие в том, что первая - уноподобная, вторая - леонардоподобная, что и определяет основные различия между ними (у микро имеется наличие поддержки режима HID устройства, SPI на отдельных ногах вместо уновских 10-13, больше прерываний, на другие ноги выведена I2C). Естественно, у нано и микро есть некоторые отличия от своих больших подобий помимо размера (например, у нано обычный FTDI, а не как у современной ревизии Uno - Atmega16U2), но с точки зрения "простого" пользователя можно считать, что их практически нет. Другие отличия нано и микро: USB разъем (miniUSB у нано и microUSB у микро), размеры (нано - короче, микро - уже)
