Ищу алгоритм компиляции и прошивки для самописного клиента на Windows.

Ну и в чем проблема-то тогда? Берете avrdude и шьете через командную строку. Как-то так:
avrdude -u:eeprom:w:eeprom.hex

 

Ее и не нужно переписывать, пусть она принимает по Serial кофигурацию и пишет ее в EEPROM. Чтобы потом конфигурацию не переписали, повесьте какую-нибудь минимальную защиту (проверку хэша ключа доступа, например) и проверку целостности конфигурации, чтение хэша вместе с прошивкой закройте лок-битами.

 

спасибо, это то что я искал.

это как то очень сложно), но спасибо за вариант.