Всем известная FatFS. Там есть целый раздел по работе с SPI. Подробные разговоры со схемотехниками - на какие ноги ноги и куда они что прилепили. Осцилогаф - сидели рядышком с аппаратчиком и смотрели все ноги и сигналы. Полез в код, как советовал Igor68, подкрутил чуток под конкретно нашу железяку.